Faktur pajak pengganti dapat diterbitkan jika terdapat kesalahan informasi yang diberikan. Jika diterbitkan setelah surat pemberitahuan pengembalian/pembatalan diterbitkan, Faktur pajak pengganti juga harus mencantumkan nilai surat pemberitahuan pengembalian/pembatalan.

Hal ini diatur dalam Pasal 48 ayat (7) Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-11/PJ/2025 (PER 11/2025). Misalnya, jika Faktur pajak pengganti diterbitkan karena kesalahan pada deskripsi nama barang, tetapi surat pemberitahuan pengembalian telah diterbitkan sebelumnya, jumlah dan harga barang pada Faktur pajak pengganti juga harus disesuaikan. Berikut ilustrasinya.

PT A adalah Pengusaha Kena Pajak (PKP) yang mendistribusikan amunisi senjata api. Pada tanggal 11 April 2025, PT A menerbitkan Faktur pajak melalui modul e-Faktur untuk penyerahan 1.000 butir Barang Kena Pajak (BKP) kepada PT NA. Harga jual per butir amunisi senjata api adalah Rp10.000, sehingga total nilai pengiriman menjadi Rp10.000.000, dengan PPN yang dipungut sebesar Rp1.200.000.

Selanjutnya, pada tanggal 16 Mei 2025, PT NA mengembalikan 100 butir amunisi senjata api dan menerbitkan surat pengembalian melalui modul e-Faktur. Nilai yang tercantum dalam surat pengembalian adalah harga jual sebesar Rp1.000.000 dan PPN sebesar Rp120.000 untuk barang yang dikembalikan.

Kemudian, pada tanggal 4 Juli 2025, PT A melakukan koreksi atas faktur pajak yang diterbitkan sebelumnya (tanggal 11 April 2025) dengan menerbitkan faktur pajak pengganti karena terdapat kesalahan pencantuman ukuran kaliber peluru pada faktur pajak awal. Dalam penyusunan faktur pajak pengganti tersebut, PT A harus mempertimbangkan nota pengembalian yang sebelumnya diterbitkan oleh PT NA. Faktur pajak pengganti yang diterbitkan oleh PT A pada tanggal 4 Juli 2025 tersebut menyatakan:

• Basis Pajak sebesar Rp9.000.000 (Rp10.000.000 dikurangi nilai pengembalian sebesar Rp1.000.000); dan
• PPN sebesar Rp1.080.000 (Rp1.200.000 dikurangi PPN atas barang yang dikembalikan sebesar Rp120.000).

Dalam kasus di atas, pengembalian atau pembatalan sebelum penggantian dianggap tidak pernah terjadi (Pasal 48 ayat (8) PER-11/2025). Apabila penjual atau pembeli PKP telah melaporkan nota pengembalian/nota pembatalan dalam SPT Masa PPN, maka PKP wajib melakukan pembetulan SPT Masa PPN pada Masa Pajak saat nota pengembalian/nota pembatalan dilaporkan.