Ekualisasi dan rekonsiliasi masih menjadi bagian yang kerap dipersoalkan dalam pemeriksaan pajak. Perbedaan hasil pencocokan data antara pembukuan dan laporan perpajakan bahkan menjadi persoalan yang paling banyak ditemukan dalam sengketa antara wajib pajak dan Ditjen Pajak (DJP).

Direktur Jenderal Pajak Bimo Wijayanto mencatat ada 39.537 perkara yang masuk ke Pengadilan Pajak sepanjang 2021 hingga kuartal III/2026. Dari keseluruhan perkara tersebut, 10.117 di antaranya atau 25,59% berkaitan dengan metode dan teknik pengujian.

Persoalannya tidak hanya menyangkut perbedaan angka. Pemeriksaan juga mencakup bagaimana transaksi dicatat, apakah bukti pendukungnya tersedia, serta apakah pencatatan tersebut sudah mengikuti standar akuntansi. Hasil pembukuan kemudian perlu dicocokkan dengan kewajiban perpajakan. Perbedaan dalam proses inilah yang paling banyak menimbulkan perdebatan antara wajib pajak dan pemeriksa pajak.

Pelaporan Penghasilan hingga Pengkreditan Pajak Masukan

Di luar masalah pembukuan, pelaporan penghasilan juga menjadi perhatian. Sebanyak 17,29% dari seluruh sengketa berkaitan dengan penghasilan atau penyerahan yang tidak dilaporkan, dilaporkan dengan nilai yang lebih kecil, atau terdapat kekeliruan dalam pelaporannya.

Ada pula perkara yang timbul karena wajib pajak dan fiskus memiliki pandangan berbeda dalam memahami aturan hukum. Persoalan ini mencakup 11,75% dari total sengketa, khususnya terkait pelaporan penghasilan atau penyerahan.

Sementara itu, pengkreditan Pajak Masukan menyumbang 9,95% perkara. Masalahnya muncul ketika Pajak Masukan yang dikreditkan ternyata tidak memenuhi persyaratan formal ataupun material. Salah satu contohnya adalah pajak masukan yang tidak berkaitan langsung dengan kegiatan usaha wajib pajak. Hal ini menjadi bagian dari ketentuan Pasal 9 ayat (8) UU PPN.

Bimo turut mengingatkan bahwa tidak semua pelanggaran pajak dapat diselesaikan melalui mekanisme administrasi. Apabila terdapat unsur kesengajaan dan hal tersebut dapat dibuktikan, persoalannya bisa berlanjut ke ranah pidana perpajakan.

Perbedaan Penilaian atas Transfer Pricing

Selain persoalan di atas, transfer pricing dan secondary adjustment juga tercatat dalam daftar perkara yang disengketakan. Kedua hal tersebut mencakup 8,3% dari keseluruhan sengketa di Pengadilan Pajak.

Wajib pajak yang merasa tidak sependapat dengan ketetapan pajak dari DJP dapat menempuh jalur keberatan. Pengajuan ini merupakan tahapan awal yang harus dilalui sebelum sengketa dapat diteruskan ke Pengadilan Pajak.

Keberatan dapat diajukan atas surat ketetapan pajak (SKP), termasuk apabila wajib pajak mempermasalahkan hasil pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga.

Jika keputusan yang diberikan DJP masih belum menyelesaikan perbedaan pendapat tersebut, wajib pajak dapat mengajukan banding ke Pengadilan Pajak. Pengajuan banding harus dilakukan dalam waktu paling lama tiga bulan sejak surat keputusan keberatan diterima.